Ab 1939 bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs fanden keine Veranstaltungen mehr in der Halle Münsterland statt. Ab August 1939 belegte die Heeresstandortverwaltung die Halle und Büroräume. Das Militär nutze den Ort fortan: Waffen, Kriegsmaterial und Fahrzeuge wurden verladen, die Stallungen dienten als Pferdelazarett. In den letzten Kriegsjahren wurde das gesamte Gelände durch Bombentreffer stark beschädigt und vollständig zerstört.